普通基因擴(kuò)增儀只能夠定性地分析是否存在目標(biāo)片段。但是價格要低很多，而且運(yùn)行成本也要低很多。不過不能直接得到擴(kuò)增結(jié)果，還需要做電泳檢測。實(shí)際中檢測遺傳疾病，品種分子標(biāo)記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通基因擴(kuò)增儀完成。

　　但是，某些需要定量的實(shí)驗(yàn)就必須用到實(shí)時定量基因擴(kuò)增儀了。比如檢測某些病原物的數(shù)量(血液乙肝病毒復(fù)制程度)，特定基因的表達(dá)量(比如結(jié)合反轉(zhuǎn)錄做的RNA定量分析)，某些基因在染色體組中拷貝數(shù)等等。熒光定量基因擴(kuò)增儀一般不需要對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實(shí)在是貴。

　　簡單來說，普通基因擴(kuò)增儀只能擴(kuò)增，不能檢測，便宜。熒光定量基因擴(kuò)增儀除了擴(kuò)增，還能在擴(kuò)增的同時檢測DNA發(fā)出的熒光信號，試劑和儀器都更貴。

　　恒溫?zé)晒鈹U(kuò)增儀原理：

　　標(biāo)記有熒光素的TaqMan探針與模板DNA混合后，完成高溫變性，低溫復(fù)性，適溫延伸的熱循環(huán)，并遵守聚合酶鏈反應(yīng)規(guī)律，與模板DNA互補(bǔ)配對的TaqMan探針被切斷，熒光素游離于反應(yīng)體系中，在特定光激發(fā)下發(fā)出熒光，隨著循環(huán)次數(shù)的增加，被擴(kuò)增的目的基因片段呈指數(shù)規(guī)律增長，通過實(shí)時檢測與之對應(yīng)的隨擴(kuò)增而變化熒光信號強(qiáng)度，求得CT值，同時利用數(shù)個已知模板濃度的標(biāo)準(zhǔn)品作對照，即可得出待測標(biāo)本目的基因的拷貝數(shù)。